beberapa permasalahan yang berkaitan dengan rendahnya pengelolaan sumberdaya air di indonesia antara lain:
- adanya fragmentasi pengelolaan antar instansi pemerintah republik indonesia dan sulitnya koordinasi antar berbagai instansi dalam emngelola sumberdaya air
- pengelolaan sumberdaya air masih terbatas dan berorientasi hanya pada sisi penyediaan semata bukan sisi kebutuhan
- borosnya pemakaian air untuk pertanian karena rendahnya efisiensi.
- organisasi pengelolaan sumberdaya air masih tersentarlisasi di pusat walaupun suda otonomi sejak tahun 2000
- rendahnya partisipasi masyarakatdalam mengeloala sumberdaya air
- distribusi pelayanan air yang tidak merata, distribusi lebih banyak difokuskan untuk melayani legiatan komersil.
- polusi air dikota-kota besar di indonesia sehingga sumberdaya air tercemar
- ketidakmampuan pemerintah untuk memperluas jaringan irigasi bagi keperluan pertanian, singga terjadi penurunan produksi
- berkurangnya ketersediaan air, baik air bersih maupun air baku akibat alih fungsi lahan.